人類は、三重の城壁の内側で巨人の脅威から逃れ100年もの間辛うじて命脈を保って生きていた。850年。突如現れた超大型巨人により、三重の城壁の一つウォール・マリアが破られ、巨人の群れが壁内に侵入、ウォール・マリアは放棄された。その際、目の前で巨人に母カルラを捕食された少年エレン・イェーガーは、巨人の駆逐を決意し、ミカサ、アルミンとともに第104期訓練兵団に入団する。